香港公司在深圳注冊的辦理流程如下： 一、準備材料：
1. 香港公司營業執照副本；

2. 投資者身份證明文件（護照或香港居民身份證）；

3. 公司章程；

4. 公司名稱審核申請書；

5. 投資者委托書；

6. 投資者財產證明文件。
二、辦理流程：
1. 申請公司名稱審核：將上述材料提交到當地工商行政管理部門進行公司名稱審核，通過審核后方可正式注冊。

2. 注冊公司：將上述材料提交到當地工商行政管理部門進行公司注冊，并辦理相關手續。

3. 辦理稅務登記：將上述材料提交到當地國家稅務局進行企業稅務登記。

4. 辦理銀行開戶：將上述材料提交到當地銀行進行企業銀行開戶。

5. 辦理增值電信業務登記：將上述材料提交到當地電信部門進行企業增值電信業務登記。

6. 辦理衛生許可證：將上述材料提交到當地衛生部門進行企業衛生許可證的申請。

7. 辦理其他手續：根據企業的實際情況，需要辦理的其他手續包括但不限于食品流通許可證、物流許可證、旅行社業務許可證、金融牌照、保險代理牌照、中介服務牌照、廣告牌照、外商獨資企業批準證書、外國企業市場準入證書、外國企業駐華代表機構批準證書、外國企業駐華分支機構批準證書、外國企業駐華子公司批準證書、外國企業駐華合資企業批準證書、外國企業駐華合作企業批準證書、外國企業駐華代表處批準證書、外國企業駐華總部批準證書等。

8. 辦理完成后，將相應的法律文件提交到當地工商行政管理部門進行備案。

9. 最后，將相應的法律文件提交到當地工商行政管理部門申領《營業執照》。